MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Marinitoga piezophila KA3 plasmid pMARPI01

Total Repeats: 245

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016748	ATT	2	6	105	110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231419
2	NC_016748	TCTT	2	8	122	129	0 %	75 %	0 %	25 %	373231419
3	NC_016748	CTT	2	6	148	153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	373231419
4	NC_016748	CTT	2	6	162	167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	373231419
5	NC_016748	TTA	2	6	217	222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231419
6	NC_016748	ATA	2	6	231	236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231419
7	NC_016748	TGAT	2	8	247	254	25 %	50 %	25 %	0 %	373231419
8	NC_016748	ATTT	2	8	294	301	25 %	75 %	0 %	0 %	373231419
9	NC_016748	T	7	7	299	305	0 %	100 %	0 %	0 %	373231419
10	NC_016748	TA	3	6	308	313	50 %	50 %	0 %	0 %	373231419
11	NC_016748	CTA	2	6	323	328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	373231419
12	NC_016748	TTAA	2	8	349	356	50 %	50 %	0 %	0 %	373231419
13	NC_016748	CTT	2	6	371	376	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	373231419
14	NC_016748	TCA	2	6	472	477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	373231419
15	NC_016748	TAC	2	6	489	494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	373231419
16	NC_016748	A	6	6	500	505	100 %	0 %	0 %	0 %	373231419
17	NC_016748	ATA	2	6	537	542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231419
18	NC_016748	T	6	6	552	557	0 %	100 %	0 %	0 %	373231419
19	NC_016748	TCAT	2	8	571	578	25 %	50 %	0 %	25 %	373231419
20	NC_016748	T	6	6	655	660	0 %	100 %	0 %	0 %	373231420
21	NC_016748	GTT	2	6	714	719	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	373231420
22	NC_016748	TTC	2	6	730	735	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	373231420
23	NC_016748	TC	3	6	753	758	0 %	50 %	0 %	50 %	373231420
24	NC_016748	GAG	2	6	1406	1411	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	373231421
25	NC_016748	CAA	2	6	1442	1447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	373231421
26	NC_016748	A	6	6	1477	1482	100 %	0 %	0 %	0 %	373231421
27	NC_016748	AAAG	2	8	1519	1526	75 %	0 %	25 %	0 %	373231421
28	NC_016748	AT	3	6	1587	1592	50 %	50 %	0 %	0 %	373231421
29	NC_016748	TGCTAA	2	12	1608	1619	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	373231421
30	NC_016748	GAA	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231421
31	NC_016748	ATGA	2	8	1687	1694	50 %	25 %	25 %	0 %	373231421
32	NC_016748	TAT	2	6	1696	1701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231421
33	NC_016748	AGGTAA	2	12	1812	1823	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	373231421
34	NC_016748	AGAA	2	8	1845	1852	75 %	0 %	25 %	0 %	373231421
35	NC_016748	AAAT	2	8	1869	1876	75 %	25 %	0 %	0 %	373231421
36	NC_016748	TAA	2	6	1926	1931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231421
37	NC_016748	GTA	2	6	2077	2082	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	373231421
38	NC_016748	AGG	2	6	2097	2102	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	373231421
39	NC_016748	GAA	2	6	2349	2354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231422
40	NC_016748	A	6	6	2399	2404	100 %	0 %	0 %	0 %	373231422
41	NC_016748	ATA	2	6	2406	2411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231422
42	NC_016748	TTTGA	2	10	2412	2421	20 %	60 %	20 %	0 %	373231422
43	NC_016748	AGAA	2	8	2431	2438	75 %	0 %	25 %	0 %	373231422
44	NC_016748	A	6	6	2437	2442	100 %	0 %	0 %	0 %	373231422
45	NC_016748	T	6	6	2468	2473	0 %	100 %	0 %	0 %	373231422
46	NC_016748	TAAT	2	8	2488	2495	50 %	50 %	0 %	0 %	373231422
47	NC_016748	TTG	2	6	2569	2574	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	373231422
48	NC_016748	TAT	2	6	2620	2625	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231422
49	NC_016748	TA	3	6	2662	2667	50 %	50 %	0 %	0 %	373231422
50	NC_016748	ATT	2	6	2744	2749	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231422
51	NC_016748	T	7	7	2754	2760	0 %	100 %	0 %	0 %	373231422
52	NC_016748	TGA	2	6	2783	2788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	373231422
53	NC_016748	ATC	2	6	2934	2939	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	373231423
54	NC_016748	A	6	6	2955	2960	100 %	0 %	0 %	0 %	373231423
55	NC_016748	TTA	2	6	2983	2988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231423
56	NC_016748	ACGA	2	8	2995	3002	50 %	0 %	25 %	25 %	373231423
57	NC_016748	AGT	2	6	3032	3037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	373231423
58	NC_016748	TGA	2	6	3038	3043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	373231423
59	NC_016748	ATT	2	6	3052	3057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231423
60	NC_016748	GAA	2	6	3087	3092	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231423
61	NC_016748	T	6	6	3168	3173	0 %	100 %	0 %	0 %	373231423
62	NC_016748	ACG	2	6	3175	3180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	373231423
63	NC_016748	ATC	2	6	3183	3188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	373231423
64	NC_016748	TAT	2	6	3235	3240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231423
65	NC_016748	GAA	2	6	3243	3248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231423
66	NC_016748	ATG	2	6	3291	3296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	373231424
67	NC_016748	ATTT	2	8	3391	3398	25 %	75 %	0 %	0 %	373231424
68	NC_016748	A	7	7	3422	3428	100 %	0 %	0 %	0 %	373231424
69	NC_016748	GCTTTA	2	12	3438	3449	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	373231424
70	NC_016748	TA	3	6	3517	3522	50 %	50 %	0 %	0 %	373231424
71	NC_016748	AAG	2	6	3527	3532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231424
72	NC_016748	AAC	2	6	3538	3543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	373231424
73	NC_016748	CA	3	6	3562	3567	50 %	0 %	0 %	50 %	373231424
74	NC_016748	A	8	8	3583	3590	100 %	0 %	0 %	0 %	373231424
75	NC_016748	ATA	2	6	3694	3699	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231425
76	NC_016748	TTA	2	6	3708	3713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231425
77	NC_016748	AAAT	2	8	3715	3722	75 %	25 %	0 %	0 %	373231425
78	NC_016748	ATA	2	6	3772	3777	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231425
79	NC_016748	ATG	2	6	3805	3810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	373231425
80	NC_016748	AT	3	6	3829	3834	50 %	50 %	0 %	0 %	373231425
81	NC_016748	TA	3	6	3859	3864	50 %	50 %	0 %	0 %	373231425
82	NC_016748	CT	3	6	3890	3895	0 %	50 %	0 %	50 %	373231425
83	NC_016748	A	6	6	3941	3946	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
84	NC_016748	A	6	6	3951	3956	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
85	NC_016748	A	6	6	3966	3971	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
86	NC_016748	TTC	2	6	4026	4031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	373231425
87	NC_016748	AT	3	6	4047	4052	50 %	50 %	0 %	0 %	373231425
88	NC_016748	ATG	2	6	4090	4095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	373231425
89	NC_016748	TAT	2	6	4134	4139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231425
90	NC_016748	ATATT	2	10	4154	4163	40 %	60 %	0 %	0 %	373231425
91	NC_016748	AAC	2	6	4180	4185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	373231425
92	NC_016748	T	6	6	4191	4196	0 %	100 %	0 %	0 %	373231425
93	NC_016748	GAA	2	6	4197	4202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231425
94	NC_016748	TTC	2	6	4212	4217	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	373231425
95	NC_016748	AGA	2	6	4346	4351	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231425
96	NC_016748	A	7	7	4355	4361	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
97	NC_016748	TGATAA	2	12	4391	4402	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	373231425
98	NC_016748	A	6	6	4414	4419	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
99	NC_016748	A	6	6	4421	4426	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
100	NC_016748	A	6	6	4445	4450	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
101	NC_016748	AT	3	6	4464	4469	50 %	50 %	0 %	0 %	373231425
102	NC_016748	AGA	2	6	4484	4489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231425
103	NC_016748	AATG	2	8	4503	4510	50 %	25 %	25 %	0 %	373231425
104	NC_016748	T	7	7	4535	4541	0 %	100 %	0 %	0 %	373231425
105	NC_016748	AGAA	2	8	4574	4581	75 %	0 %	25 %	0 %	373231425
106	NC_016748	AAT	2	6	4662	4667	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231425
107	NC_016748	A	6	6	4691	4696	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
108	NC_016748	AGA	2	6	4712	4717	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231425
109	NC_016748	A	6	6	4788	4793	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
110	NC_016748	A	6	6	4807	4812	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
111	NC_016748	AAAT	2	8	4817	4824	75 %	25 %	0 %	0 %	373231425
112	NC_016748	TAA	2	6	4838	4843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231425
113	NC_016748	A	6	6	4876	4881	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
114	NC_016748	A	7	7	4916	4922	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
115	NC_016748	AAAT	2	8	4939	4946	75 %	25 %	0 %	0 %	373231425
116	NC_016748	AAAAG	2	10	4949	4958	80 %	0 %	20 %	0 %	373231425
117	NC_016748	ATT	2	6	4997	5002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231425
118	NC_016748	TAT	2	6	5037	5042	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231425
119	NC_016748	TA	3	6	5067	5072	50 %	50 %	0 %	0 %	373231425
120	NC_016748	GAA	2	6	5145	5150	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231425
121	NC_016748	TAT	2	6	5163	5168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	373231425
122	NC_016748	TGA	2	6	5174	5179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	373231425
123	NC_016748	CTT	2	6	5187	5192	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	373231425
124	NC_016748	A	7	7	5245	5251	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
125	NC_016748	GAA	2	6	5262	5267	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	373231425
126	NC_016748	T	6	6	5301	5306	0 %	100 %	0 %	0 %	373231425
127	NC_016748	TGAT	2	8	5422	5429	25 %	50 %	25 %	0 %	373231425
128	NC_016748	A	6	6	5675	5680	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
129	NC_016748	CAA	2	6	5695	5700	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	373231425
130	NC_016748	A	6	6	5699	5704	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
131	NC_016748	TGA	2	6	5705	5710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	373231425
132	NC_016748	AAT	2	6	5717	5722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231425
133	NC_016748	A	6	6	5744	5749	100 %	0 %	0 %	0 %	373231425
134	NC_016748	GATA	2	8	5816	5823	50 %	25 %	25 %	0 %	373231425
135	NC_016748	AT	3	6	5919	5924	50 %	50 %	0 %	0 %	373231426
136	NC_016748	T	6	6	5970	5975	0 %	100 %	0 %	0 %	373231426
137	NC_016748	TAA	2	6	6008	6013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	373231426
138	NC_016748	T	6	6	6026	6031	0 %	100 %	0 %	0 %	373231426
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140	NC_016748	A	7	7	6158	6164	100 %	0 %	0 %	0 %	373231426
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.